correction traductions

NAMESPACE

@@ -2,6 +2,7 @@
 
 export(run_app)
 import(arcpga.data)
+import(datamods)
 import(dplyr)
 import(ggiraph)
 import(ggplot2)

R/app_server.R

@@ -2,19 +2,15 @@
 #'
 #' @param input,output,session Internal parameters for {shiny}.
 #'     DO NOT REMOVE.
+#' @import datamods 
 #' @noRd
 app_server <- function(input, output, session) {
   r_global <- reactiveValues(triggered = 0)
 
-  # options("datamods.i18n" = "fr")
-  # datamods::set_i18n("/home/lohmann/arcpga.app/inst/i18n/fr.csv")  #
-  # # options("i18n"=file.path(app_sys(),"test.csv"))
-  # datamods::set_i18n("fr", "arcpga.app")
-  # #datamods::set_i18n(file.path(app_sys(),"fr.csv"))
-
   mod_info_tab_server("insert_info_tab")
   mod_footer_server("insert_footer")
 
+  
 
   mod_dataset_choice_server("initialisation", r_global)
 

R/app_ui.R

@@ -34,6 +34,7 @@ golem_add_external_resources <- function() {
       app_title = "ARCPGA"
     )
   )
+  
 }
 #' The application User-Interface
 #'
@@ -110,8 +111,6 @@ app_ui <- function(request) {
         )
       )
     )
-    # ,mod_footer_ui('insert_footer')
+     # ,mod_footer_ui('insert_footer')
   )
 }
-
-

R/fct_help.R

@@ -45,3 +45,9 @@ filterGeneIDs <- function(inclusionList, exclusionList, intersectTypeIn, interse
     NULL
   }
 }
+
+flags <- c(
+      "https://cdn.rawgit.com/lipis/flag-icon-css/master/flags/4x3/fr.svg",
+       "https://cdn.rawgit.com/lipis/flag-icon-css/master/flags/4x3/gb.svg"
+   )
+

R/mod_VolcaNoseR.R

@@ -35,7 +35,7 @@ mod_VolcaNoseR_ui <- function(id) {
       ),
       conditionalPanel(
         condition = "input.tabs=='Plot' || input.tabs=='iPlot'",
-        h4("Aesthetics"),
+        h4( i18n("Aesthetics")),
         sliderTextInput(ns("pointSize"), i18n("Size of the datapoints"),
           choices = seq(
             from = 0,
@@ -119,9 +119,10 @@ mod_VolcaNoseR_ui <- function(id) {
           textInput(ns("range_y"), paste0(i18n("Range y-axis"), " (min,max)"), value = ""),
           awesomeCheckbox(inputId = ns("scale_log_10"), label = i18n("Log10 scale on y-axis"), value = FALSE)
         ),
-        numericInput(ns("plot_height"), paste0(i18n("Plot height"), " (# pixels):"), value = 600),
-        numericInput(ns("plot_width"), paste0(i18n("Plot width"), " (# pixels):"), value = 800),
-        h4("Labels"),
+        # numericInput(ns("plot_height"), paste0(i18n("Plot height"), " (# pixels):"), value = 600),
+        # numericInput(ns("plot_width"), paste0(i18n("Plot width"), " (# pixels):"), value = 800),
+        mod_plot_dim_ui(ns("dimension_volcanos")),
+        h4(i18n("Labels")),
         awesomeCheckbox(
           inputId = ns("add_title"),
           label = i18n("Add title"),
@@ -221,7 +222,7 @@ mod_VolcaNoseR_ui <- function(id) {
 mod_VolcaNoseR_server <- function(id, r_global) {
   moduleServer(id, function(input, output, session) {
     ns <- session$ns
-
+    plot_settings <- mod_plot_dim_server("dimension_volcanos")
     # Session variable - initialize defaults
     genelist.selected <- ""
     x_var.selected <- "logFC"
@@ -413,8 +414,10 @@ mod_VolcaNoseR_server <- function(id, r_global) {
       }
 
       w <- 10
-      h <- w * (input$plot_height / input$plot_width)
+      # h <- w * (input$plot_height / input$plot_width)
+      h <- w * (plot_settings$plot_height() /plot_settings$plot_width())
 
+            
       x <- girafe(
         code = plot(plot_data()),
         width_svg = w, height_svg = h,
@@ -707,7 +710,9 @@ mod_VolcaNoseR_server <- function(id, r_global) {
         }
         w <- 10
         # retain aspect ratio
-        h <- w * (input$plot_height / input$plot_width)
+        # h <- w * (input$plot_height / input$plot_width)
+        h <- w * (plot_settings$plot_height() /plot_settings$plot_width())
+        
         saveWidget(
           widget =
             girafe(
@@ -734,7 +739,8 @@ mod_VolcaNoseR_server <- function(id, r_global) {
         paste("VolcaNoseR_arcpga_", Sys.time(), ".pdf", sep = "")
       },
       content <- function(file) {
-        pdf(file, width = input$plot_width / 72, height = input$plot_height / 72)
+        # pdf(file, width = input$plot_width / 72, height = input$plot_height / 72)
+        pdf(file, width = plot_settings$plot_width() / 72, height = plot_settings$plot_height() / 72)
         plot(plot_data())
 
         dev.off()
@@ -748,7 +754,8 @@ mod_VolcaNoseR_server <- function(id, r_global) {
         paste("VolcaNoseR_arcpga_", Sys.time(), ".png", sep = "")
       },
       content <- function(file) {
-        png(file, width = input$plot_width * 4, height = input$plot_height * 4, res = 300)
+        # png(file, width = input$plot_width * 4, height = input$plot_height * 4, res = 300)
+        png(file, width = plot_settings$plot_width() * 4, height = plot_settings$plot_height() * 4, res = 300)
         plot(plot_data())
 
         dev.off()
@@ -766,10 +773,13 @@ mod_VolcaNoseR_server <- function(id, r_global) {
 
     ##### Set width and height of the plot area
     width <- reactive({
-      input$plot_width
+      # input$plot_width
+      plot_settings$plot_width()
+      
     })
     height <- reactive({
-      input$plot_height
+      # input$plot_height
+      plot_settings$plot_height()
     })
 
     output$coolplot <- renderPlot(width = width, height = height, {

R/mod_consult_gene_lists.R

@@ -15,7 +15,7 @@ mod_consult_gene_lists_ui <- function(id) {
     pickerInput(
       ns("espece"),
       label = i18n("Source"),
-      choices = setNames(c("Hs.9606", "Mm.10090"), c(paste0(i18n("Human"),"= (9606)"), paste0(i18n("Mouse")," (10090)") )),
+      choices = setNames(c("Hs.9606", "Mm.10090"), c(paste0(i18n("Human")," (9606)"), paste0(i18n("Mouse")," (10090)") )),
       selected = "Hs.9606"
     ), uiOutput(ns("contained_gene_lists"))
   )

R/mod_dataset_choice.R

@@ -26,7 +26,7 @@ mod_dataset_choice_ui <- function(id) {
     uiOutput(ns("dynamic_ui")),
     div(
       align = "center",
-      actionBttn(ns("launch_the_data"), i18n("Afficher"),
+      actionBttn(ns("launch_the_data"), i18n("Show Table"),
         style = "material-flat",
         color = "primary"
       )
@@ -54,13 +54,17 @@ mod_dataset_choice_server <- function(id, r_global) {
           c("Microarray" = "microarray", "RNA-seq" = "rna")
         ),
         uiOutput(ns("espece")),
-        pickerInput(
-          ns("TailleDonnee"),
-          i18n("Which analysis version ?"),
-          setNames(
-            c("all", "P1", "P6", "P9", "P12", "P17"),
-            c(i18n("All Samples"), "Patient 1", "Patient 6", "Patient 9", "Patient 12", "Patient 17")
+        conditionalPanel(
+          condition = "input.dataset == 'microarray'",
+          pickerInput(
+            ns("TailleDonnee"),
+            i18n("Which analysis version ?"),
+            setNames(
+              c("all", "P1", "P6", "P9", "P12", "P17"),
+              c(i18n("All Samples"), "Patient 1", "Patient 6", "Patient 9", "Patient 12", "Patient 17")
+            )
           )
+        ,ns=ns
         ),
         uiOutput(ns("batch")),
         pickerInput(
@@ -88,7 +92,7 @@ mod_dataset_choice_server <- function(id, r_global) {
           label = NULL,
           choices = setNames(
             c("Hs.9606", "Mm.10090"),
-            c(paste0(i18n("Human","= (9606)")), paste0(i18n("Mouse")," (10090)"))
+            c(paste0(i18n("Human")," (9606)"), paste0(i18n("Mouse")," (10090)"))
           ),
           selected = "Hs.9606"
         )
@@ -201,19 +205,22 @@ mod_dataset_choice_server <- function(id, r_global) {
 
     Add_TMM_to_TopTable <- eventReactive(
       {
-        # input$Tabletype
-        # input$whichIsCompare
         input$launch_the_data
       },
       {
-        Sel <- grep(paste0(paste(SubSelection[[input$whichIsCompare]], collapse = "|"), "|EntrezID"),
-          colnames(get(TMMtab())),
-          value = TRUE
-        )
-        newSel <- get(TMMtab()) %>% subset(select = Sel)
-        return(newSel)
+        tryCatch({
+          Sel <- grep(paste0(paste(SubSelection[[input$whichIsCompare]], collapse = "|"), "|EntrezID"),
+                      colnames(get(TMMtab())),
+                      value = TRUE)
+          newSel <- get(TMMtab()) %>% subset(select = Sel)
+          return(newSel)
+        }, error = function(e) {
+          message(paste(i18n("Error: Object"), TMMtab(), i18n("does not exist in .GlobalEnv")))
+          return(NULL) 
+        })
       }
     )
+    
 
 
 

R/mod_plot_dim.R

+#' plot_dim UI Function
+#'
+#' @description A shiny Module.
+#'
+#' @param id,input,output,session Internal parameters for {shiny}.
+#'
+#' @noRd 
+#' @importFrom datamods i18n
+#' @importFrom shiny NS tagList 
+mod_plot_dim_ui <- function(id){
+  ns <- NS(id)
+  tagList(
+    numericInput(ns("plot_height"), paste0(i18n("Plot height"), " (# pixels):"), value = 600),
+    numericInput(ns("plot_width"), paste0(i18n("Plot width"), " (# pixels):"), value = 800)
+  )
+}
+    
+#' plot_dim Server Functions
+#'
+#' @noRd 
+mod_plot_dim_server <- function(id){
+  moduleServer( id, function(input, output, session){
+    ns <- session$ns
+    return(list(
+      plot_height = reactive(input$plot_height),
+      plot_width = reactive(input$plot_width)
+    ))
+  })
+}
+    
+## To be copied in the UI
+# mod_plot_dim_ui("plot_dim_1")
+    
+## To be copied in the server
+# mod_plot_dim_server("plot_dim_1")

dev/02_dev.R

@@ -31,6 +31,7 @@ golem::add_module(name = "add_n_remove_widgets", with_test = FALSE)
 golem::add_module(name = "explore_subset", with_test = FALSE)
 golem::add_module(name = "consult_gene_lists", with_test = FALSE)
 golem::add_module(name = "VolcaNoseR", with_test = FALSE)
+golem::add_module(name = "plot_dim", with_test = FALSE)
 
 ## Add helper functions ----
 ## Creates fct_* and utils_*

dev/run_dev.R

@@ -3,6 +3,8 @@ sass::sass(input = sass::sass_file("inst/app/www/custom.sass"), output = "inst/a
 
 # Set options here
 options(golem.app.prod = TRUE) # TRUE = production mode, FALSE = development mode
+options("arcpga.app.i18n"="fr") 
+options("datamods"="fr")
 
 # Comment this if you don't want the app to be served on a random port
 options(shiny.port = httpuv::randomPort()) 

inst/i18n/fr.csv

@@ -3,80 +3,71 @@ label,translation,comment
 "Add gridlines","Ajouter des lignes de quadrillage",
 "Add legend","Ajouter une légende",
 "Add title","Ajouter un titre",
-"Afficher","Afficher",
+"Show Table","Afficher",
 "All Samples","Tous les échantillons",
-"Axis labels:","Étiquettes des axes :",
-"Axis titles:","Titres des axes :",
+"Axis labels:","Étiquettes des axes:",
+"Axis titles:","Titres des axes:",
 "Browse data","Parcourir les données",
-"Browsing gene databases","Parcourir les bases de données génétiques",
+"Browsing gene databases","Parcourir les bases de données",
 "Change axis labels","Modifier les étiquettes des axes",
 "Change font size","Changer la taille de la police",
 "Change scale","Changer d'échelle",
-"Color Unchanged,Incr.,Decr.,User selected","Couleur inchangée,Augmenter,Diminuer,Sélectionné par l'utilisateur",
 "Create a filter annotation","Créer une annotation de filtre",
-"Criterion for ranking hits:","Critère de classement des hits :",
+"Criterion for ranking hits:","Critère de classement des hits:",
 "Dark Theme","Thème sombre",
 "Data as provided","Données telles que fournies",
 "Dataset Choice","Choix du jeu de données",
 "Differential Expression Table","Tableau des expressions différentielles",
-"Download files","Telecharger des fichiers",
-"Download html file","Télécharger le fichier html",
-"Download pdf-file","Télécharger le fichier pdf",
-"Download png-file","Télécharger le fichier png",
+"Download files","Télécharger des fichiers",
 "Error: Object","Erreur : Objet",
 "Exclude","Exclure",
-"Filter on both","Filtrer sur les deux",
+"Filter on both","Filtre commun",
 "Filter on both lists","Filtrer sur les deux listes",
-"Fold Change threshold min,max:","Seuil de changement de pli min, max :",
+"Fold Change threshold min,max:","Seuil de Fold Change min, max:",
 "Genes of interests","Gènes d'intérêts",
 "Hide labels in the plot","Masquer les étiquettes dans le graphique",
 "Human 9606","Humain 9606",
 "Include","Inclure",
 "Informations","Informations",
-"Integrated dataset","Ensemble de données intégré",
-"Labels of hits:","Étiquettes des hits :",
+"Integrated dataset","Données intégrées",
+"Labels of hits:","Étiquettes des hits:",
 "List Choice","Liste de choix",
 "List of names or hexadecimal codes","Liste de noms ou de codes hexadécimaux",
 "Log10 scale on y-axis","Échelle Log10 sur l'axe des Y",
 "Manual filter","Filtre manuel",
 "Mouse 10090","Souris 10090",
 "Normalized Expression","Expression normalisée",
-"Note:","Note :",
-"Number of top hits 0 to hide:","Nombre de hits les plus populaires 0 à masquer :",
-"Plot height # pixels:","Hauteur du tracé # pixels :",
-"Plot title:","Titre de l'intrigue :",
-"Plot width # pixels:","Largeur du tracé # pixels :",
+"Note:","Note:",
+"Number of top hits 0 to hide:","Nombre de hits les plus populaires 0 pour masquer:",
+"Plot title:","Titre du graphique:",
 "Pre-integrated filter","Filtre pré-intégré",
 "Range x-axis min,max","Plage axe x min, max",
 "Range y-axis min,max","Plage axe y min, max",
 "Rotate plot 90 degrees","Faire pivoter le tracé de 90 degrés",
 "Select X & Y variables","Sélectionner les variables X et Y",
-"Select column with categories","Sélectionner une colonne avec des catégories",
 "Select column with names","Sélectionner la colonne avec les noms",
 "Selection & Annotation of hits","Sélection et annotation des résultats",
 "Show table with hits","Afficher le tableau avec les résultats",
 "Show/Hide filter","Afficher/Masquer le filtre",
-"Significance threshold:","Seuil de signification :",
+"Significance threshold:","Seuil de signification:",
 "Size of the datapoints","Taille des points de données",
 "Source","Source",
 "Table choice","Choix de table",
-"This is a dataViz apps, find others at:","Il s'agit d'une application DataViz, trouvez-en d'autres sur :",
-"Title:","Titre :",
+"This is a dataViz apps, find others at:","Il s'agit d'une application DataViz, trouvez-en d'autres sur:",
+"Title:","Titre:",
 "Top hits based on distance from origin","Meilleurs hits en fonction de la distance par rapport à l'origine",
 "Transformation & Scaling","Transformation et mise à l'échelle",
 "Use Color to identify Categories","Utilisez la couleur pour identifier les catégories",
-"Use thresholds to filter hits:","Utiliser des seuils pour filtrer les hits :",
-"User Load","Charge utilisateur",
-"User selected hits:","Hits sélectionnés par l'utilisateur :",
+"Use thresholds to filter hits:","Utiliser des seuils pour filtrer les hits:",
+"User Load","Chargement de données",
+"User selected hits:","Hits sélectionnés par l'utilisateur:",
 "Visibility of the data","Visibilité des données",
 "Visualize this table","Visualiser ce tableau",
 "Which Comparision?","Quelle comparaison ?",
 "Which analysis version ?","Quelle version d'analyse ?",
 "Which column?","Quelle colonne ?",
-"X-axis:","Axe des X :",
-"X-axis; Effect fold change","Axe X ; Effet du changement de pli",
-"Y-axis:","Axe Y :",
-"Y-axis; Significance p-value","Axe Y ; Signification de la valeur p",
+"X-axis; Effect fold change","Axe X ; Effet du Fold Change",
+"Y-axis; Significance p-value","Axe Y ; Significativité de la valeur p",
 "does not exist in .GlobalEnv","n'existe pas dans .GlobalEnv",
 "fr, arcpga.app","fr, arcpga.app",
 "merge columns info","fusionner les informations sur les colonnes",
@@ -89,8 +80,6 @@ label,translation,comment
 "Human 9606","Humain 9606",
 "Mouse 10090","Souris 10090",
 "List Choice","Liste de choix",
-"Integrated dataset","Ensemble de données intégré",
-"User Load","Charge utilisateur",
 "Afficher","Afficher",
 "Dataset Choice","Choix du jeu de données",
 "Which analysis version ?","Quelle version d'analyse ?",
@@ -101,7 +90,7 @@ label,translation,comment
 "Which Comparision?","Quelle comparaison ?",
 "Error: Object","Erreur : Objet",
 "does not exist in .GlobalEnv","n'existe pas dans .GlobalEnv",
-"Note:","Note :",
+"Note:","Note:",
 "Create a filter annotation","Créer une annotation de filtre",
 "Visualize this table","Visualiser ce tableau",
 "Pre-integrated filter","Filtre pré-intégré",
@@ -114,25 +103,23 @@ label,translation,comment
 "Filter on both lists","Filtrer sur les deux listes",
 "merge columns info","fusionner les informations sur les colonnes",
 "Select X & Y variables","Sélectionner les variables X et Y",
-"X-axis","Axe des X",
 "Effect","Effet",
-"fold change","changement de pli",
-"Y-axis","Axe Y",
-"Significance","Signification",
+"fold change","Fold Change",
+"Significance","Significativité",
 "p-value","valeur p",
 "Select column with names","Sélectionner la colonne avec les noms",
-"Select column with categories","Sélectionner une colonne avec des catégories",
+"Select column with categories","Sélectionner une colonne avec des annotations",
 "Use Color to identify Categories","Utilisez la couleur pour identifier les catégories",
 "Size of the datapoints","Taille des points de données",
 "Visibility of the data","Visibilité des données",
 "Selection & Annotation of hits","Sélection et annotation des résultats",
-"Fold Change threshold","Seuil de changement de pli",
-"Significance threshold:","Seuil de signification :",
-"Use thresholds to filter hits:","Utiliser des seuils pour filtrer les hits :",
-"Criterion for ranking hits:","Critère de classement des hits :",
+"Fold Change threshold","Seuil de Fold Change",
+"Significance threshold:","Seuil de significativité:",
+"Use thresholds to filter hits:","Utiliser des seuils pour filtrer les hits:",
+"Criterion for ranking hits:","Critère de classement des hits:",
 "Number of top hits","Nombre de hits les plus populaires",
-"0 to hide","0 à masquer",
-"User selected hits:","Hits sélectionnés par l'utilisateur :",
+"0 to hide","0 pour masquer",
+"User selected hits:","Hits sélectionnés par l'utilisateur:",
 "Show table with hits","Afficher le tableau avec les résultats",
 "Hide labels in the plot","Masquer les étiquettes dans le graphique",
 "Color","Couleur",
@@ -149,26 +136,30 @@ label,translation,comment
 "Range x-axis","Plage axe x",
 "Range y-axis","Plage axe y",
 "Log10 scale on y-axis","Échelle Log10 sur l'axe des Y",
-"Plot height","Hauteur du tracé",
-"Plot width","Largeur du tracé",
+"Plot height","Hauteur du graphique",
+"Plot width","Largeur du graphique",
 "Add title","Ajouter un titre",
-"Title:","Titre :",
+"Title:","Titre:",
 "Change axis labels","Modifier les étiquettes des axes",
-"X-axis:","Axe des X :",
-"Y-axis:","Axe Y :",
+"X-axis:","Axe des X:",
+"Y-axis:","Axe des Y:",
+"X-axis","Axe des X",
+"Y-axis","Axe des Y",
 "Change font size","Changer la taille de la police",
-"Plot title:","Titre de l'intrigue :",
-"Axis titles:","Titres des axes :",
-"Axis labels:","Étiquettes des axes :",
-"Labels of hits:","Étiquettes des hits :",
+"Plot title:","Titre du graphique:",
+"Axis titles:","Titres des axes:",
+"Axis labels:","Étiquettes des axes:",
+"Labels of hits:","Étiquettes des hits:",
+"Labels","Étiquettes",
+"Aesthetics","Esthétique",
 "Add legend","Ajouter une légende",
 "About VolcaNoseR","À propos de VolcaNoseR",
-"This is a dataViz apps, find others at:","Il s'agit d'une application DataViz, trouvez-en d'autres sur :",
+"This is a dataViz apps, find others at:","Il s'agit d'une application DataViz, trouvez-en d'autres sur:",
 "Data as provided","Données telles que fournies",
-"Download pdf-file","Télécharger le fichier pdf",
-"Download png-file","Télécharger le fichier png",
+"Download pdf-file","Télécharger en PDF",
+"Download png-file","Télécharger en PNG",
 "Top hits based on distance from origin","Meilleurs hits en fonction de la distance par rapport à l'origine",
-"Download html file","Télécharger le fichier html",
+"Download html file","Télécharger en HTML",
 "Top hits","Meilleurs Hits",
 "based on distance from origin","en fonction de la distance par rapport à l'origine", 
 "Human","Humain",